Il y a beaucoup de façons différentes pour installer R et RStudio sur votre ordinateur. Celle que nous recommandons et décrivons par la suite est basé sur le gestionnaire de paquets conda. Elle a l'avantage de fonctionner de façon à peu près identique sous Linux, Windows, et macOS. Son deuxième avantage est que l'univers conda propose un grand choix de logiciels scientifiques, qui pourraient vous être utiles pour vos propres projets. Les aguerris en administration système sont bien sûr libres de choisir une autre approche, c'est seulement le résultat qui compte !
Téléchargez d'abord la dernière version de Miniconda. Miniconda est une version légère d'Anaconda, une suite logicielle incluant Python, Jupyter, R ainsi que les bibliothèques les plus couramment utilisées en calcul scientifique et en science des données.
Installez Miniconda en suivant les instructions fournies. Si le logiciel d'installation (ce n'est pas systématique) vous pose la question
Do you wish the installer to initialize Miniconda3 by running conda init? [yes|no]
acceptez avec yes. Puis vous verrez le conseil
=> For changes to take effect, close and re-open your current shell. <=
qu'il faut absolument suivre pour que la suite se passe bien.
Important: il vous faudra lancer les commandes suivantes dans le shell conda. Comme expliqué dans la documentation Anaconda, pour ouvrir ce shell
La première commande à lancer est
conda update -n base -c defaults conda
pour mettre à jour tous les logiciels dans la distribution conda.
Nous pouvons maintenant créer un environnement conda pour le parcours RStudio de ce MOOC :
conda create -n mooc-rr-rstudio
et l'activer :
conda activate mooc-rr-rstudio
Il n'est pas strictement nécessaire d'activer un environnement pour s'en servir, mais c'est la façon la plus facile qui suscite le moins d'erreurs. *Vous devez répéter cette activation chaque fois que vous ouvrez un nouveau terminal, avant de pouvoir utiliser cet environnement.*
Le prochain pas est l'installation de tous les logiciels dont nous avons besoin et qui font partie de la distribution Miniconda :
conda install rstudio r r-ggplot2 r-reticulate python
Nous avons également besoin d'un paquet que ne fait pas partie de Miniconda. Nous le récupérons de la source indépendante conda-forge :
conda install -c conda-forge r-parsedate
Vous pouvez maintenant lancer RStudio directement de la ligne de commande :
rstudio
Sous Windows et macOS, vous êtes peut-être tenté de lancer RStudio directement de l'interface graphique. Il n'est en effet pas difficile de trouver RStudio.app dans l'environnement conda et de le lancer en direct. Résistez à la tentation. Il faut bien lancer RStudio de la ligne de commande pour qu'il puisse détecter l'environnement que vous avez activé.
Si vous voulez convertir vos notebooks en PDF, vous devez aussi installer LaTeX sur votre ordinateur. Nous expliquons cette procédure dans une ressource spécifique.
L’équipe de RStudio a créé différents matériels et tutoriels très bien faits. Nous vous recommandons de consulter les fiches mémo. En particulier, vous pourriez être intéressés par celles-ci :
Voici aussi les versions françaises de certains documents mais elles ne sont pas toujours à jour :
Cette partie fait l'objet d'une ressource spécifique.